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Fähren. Athen. Zwei bis vier Fähren pro Tag von Piräus (7 bis 10 Stunden Überfahrt) mit häufigen Zwischenstopps in Naxos, Paros, Ios und weniger regelmäßig in Sikinos, Folegandros und Milos. Von Rafina aus gibt es keine Fährverbindung nach Santorin. Einige Fähren halten am Fuße des Dorfes Ia, bevor sie im 30 Minuten entfernten Athinos, dem Haupthafen der Insel, anlegen.
Kykladen. In nordöstlicher Richtung sind Ios (2 Stunden Überfahrt), Naxos (3 Stunden) und Paros (4 Stunden) am besten zu erreichen, vor allem mit den Fähren aus Athen. Mykonos ist 5 Stunden entfernt. Im Nordwesten gibt es Verbindungen nach Sikinos (2 Stunden), Folegandros (2,5 Stunden), Milos (5 Stunden), Kimolos (5,5 Stunden), Sifnos (8 Stunden), Serifos (9 Stunden) und nach Kythnos (10 Stunden). Anafi liegt im Vergleich zu den anderen Kykladen sehr abseits, ist aber von Santorin aus leicht zu erreichen, da es nur 1,5 Stunden mit der Fähre entfernt ist.
Wasserflugzeuge. Die Insel ist 2-3 Mal täglich von Piräus und 1 Mal täglich von Rafina aus mit Tragflächenbooten verbunden. Die Überfahrt dauert je nach Zwischenstopp 5 bis 6 Stunden. Außerdem werden Ios, Naxos, Mykonos, Paros, Sikinos, Sifnos, Serifos und Kreta angefahren.
