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Der Hafen von Nissiros ist klein und ziemlich exponiert.

Athen - Nissiros. Zweimal pro Woche verkehrt eine Fähre zwischen Piräus und dem Hafen von Mandraki (Überfahrt ca. 14 Stunden).

Verbindungen zu den anderen Inseln. Zweimal pro Woche hält die Fähre, die zwischen Kos und Rhodos verkehrt, auch in Nissiros. Je nach Route können diese Fähren Paros, Naxos, Astipalaia, Kalymnos und Kos anfahren, bevor sie in Nissiros ankommen, und setzen dann ihre Fahrt nach Rhodos fort. Ansonsten gibt es Katamarane, die Nissiros mit Tilos, Rhodos, Kos, Kalymnos und Symi verbinden. In der Saison verkehren auch mehrere kleine Ausflugsboote auf Tagesbasis zwischen Mandraki und dem Ferienort Kardamena auf Kos (1 Stunde Überfahrt, 5 € pro Strecke).